1998年6月至1999年8月，陕西省煤炭工业局机构编制依据中发〔1993〕7号文件精神和国务院批复的煤炭工业部 “三定”方案,经煤炭工业部与陕西省人民政府协商一致,陕西煤炭工业管理局与陕西省煤炭工业局为一套机构,两块牌子,实行国家煤炭工业部和陕西省人民政府双重领导,以部为主,对陕西煤炭工业实行行业统一归口管理。其主要职责是：统筹规划、合理开发和利用陕西煤炭资源；优化煤炭工业结构和产业结构，加快国有重点煤矿、地方煤矿、乡镇煤矿的培育和发展煤炭市场；依靠科学技术进步走科技兴煤、科技兴陕的道路，改善经营管理，提高经济效益，监督国有资产保值。其内设办公室、规划处、生产协调处、基本建设处、煤炭调运处、安全监察局、财务处、人事处、科技教育处、综合利用多种经营处、机关党委和思想政治工作处（一套机构、两块牌子）等11个职能处（室），同时设立纪检组（监察室）和国家煤炭部统计局派驻机构审计处。人员编制125人。

1999年9月，陕西省机构编制委员会根据国务院国发〔1998〕22号、国办发〔1998〕103号文件和国家煤炭工业局、陕西省人民政府《关于印发陕西国有重点煤矿管理体制改革问题商谈纪要的通知》(煤办字〔1998〕119号)及国家煤炭工业局煤司办函字〔1999〕第20号文件精神,对陕西省煤炭工业局机构编制进行调整。其管理体制由原部、省双重领导调整为陕西省人民政府管理，其机关行政编制128名纳入省级政府行政编制管理序列。

2000年3月，根据《国务院办公厅关于印发煤矿安全监察管理体制改革实施方案的通知》（国办发〔1999〕104号）和《中央机构编制委员会办公室关于部分省（自治区）煤矿安全监察局加挂煤炭工业局牌子的通知》（中编办发〔2000〕34号）精神，设置陕西省煤炭工业局，负责全省煤炭行业管理工作，与陕西煤矿安全监察局合署办公。这次机构改革，主要是适应煤矿安全监察管理体制要求，经国务院批准，同意在河北、陕西12个省（自治区）煤矿安全监察局，暂时加挂省（自治区）煤炭工业局牌子，作为过渡，在政企分开的基础上，履行煤炭行业管理职能。我省根据这一精神，设置陕西省煤炭工业局，但与陕西煤矿安全监察局合署办公。其主要职能有8项：贯彻执行《中华人民共和国煤炭法》等国家有关煤炭工业的法律法规，研究拟订全省煤炭工业发展战略、行业规划，提出煤炭资源合理开发和利用的建议，促进行业结构调整，引导行业合理布局。指导地市煤炭行业管理工作；拟订全省煤炭行业政策、规章、规范和技术标准，并组织实施；协调处理行业内外部关系，维护公平竞争秩序；提出煤炭产运需衔接的有关政策建议，协调煤炭生产单位和陕西省煤炭运销(集团)有限责任公司的业务关系；依法整顿煤炭生产秩序，负责全省煤炭行业行政处罚和执法稽查工作；指导和督促煤炭企业做好安全生产管理工作。按规定权限审核发放生产许可证；掌握分析煤炭工业生产动态，汇集、分析和发布煤炭经济技术和市场信息，提供信息咨询服务；协助陕西省财政厅监管国有重点煤炭企事业单位的专项资金；负责审查、申报煤炭重点基建、技改项目，组织协调开工建设、竣工验收和工程质量监督检查工作；研究拟订全省煤炭企事业单位改革方案和措施，指导煤炭企业搞好改革、改组、改造，建立现代企业制度。推动国有煤炭企业兼并破产、扭亏增盈、转产分流，实施再就业工程；协调煤炭行业的科学研究和技术开发，促进先进技术推广应用及对外经济技术合作与交流；承办陕西省人民政府交办的维持煤炭系统社会稳定工作和其他事项。根据其主要职责，陕西省煤炭工业局内设行业管理处、规划发展处、企事业改革处3个职能处室。其机关文书、档案、信访、机关财务、劳动、人事、干部培训和党务、政工、纪检、监察、离退休人员服务管理、后勤服务等工作分别由陕西煤矿安全监察局有关处室和事业单位承担。行政编制15名，局长和副局长分别与陕西煤矿安全监察局局长、副局长交叉任职；正副处级领导职数6名。

2002年9月，陕西省机构编制办公室根据中编办《关于省级煤矿安全监察局与煤炭工业局机构分离有关问题的通知》（中编办发〔2001〕22号）和陕西省省委常委会2002年第23次会议决定精神，下发了《关于省煤炭工业局与陕西省煤矿安全监察局机构分离的通知》(陕编发〔2002〕56号),明确陕西省煤炭工业局与陕西煤矿安全监察局机构分离，分离后的陕西省煤炭工业局，为陕西省经贸委的内设机构，由陕西省经贸委进行管理。分离后的陕西省煤炭工业局职能不变，设局长1名，副局长2名，局长可按副厅级配备；原核定的局内设3个处和15名行政编制、6名正副处级领导职数维持不变。

2004年6月，陕西省经贸委撤销后，陕西省人民政府既未撤销陕西省煤炭工业局，也未明确机构设置。2005年9月，陕西省机构编制委员会下发了《关于陕西省煤炭工业局(陕西省煤田地质局)机构设置和人员编制的通知》(陕编办发〔2005〕100号),明确陕西省煤炭工业局和陕西省煤田地质局实行一套机构、两块牌子体制。陕西省煤炭工业局(陕西省煤田地质局)是负责全省煤炭行业管理、煤矿安全监管和煤田地质勘查技术管理工作的陕西省政府直属正厅级事业单位，但未进入实质组建工作。2006年9月，陕西省人民政府办公厅关于印发《陕西省煤炭工业局主要职责内设机构和人员编制规定》的通知（陕政办发〔2006〕89号），明确陕西省煤炭工业局和陕西省煤田地质局不再合并，组建新的陕西省煤炭工业局，正厅级建制，为主管全省煤炭行业管理工作的陕西省政府直属事业单位，负责全省煤炭行业管理工作。其主要职责是：协同陕西省发展改革委员会组织编制并实施全省煤炭工业发展战略和矿区总体规划；组织编制煤炭生产开发规划，提出煤炭资源合理开发综合利用的意见，组织实施煤炭产业结构调整；组织起草行业规章、规程和技术标准；指导市县煤炭行业管理和煤矿安全监管工作；依法对煤炭资源开采进行监管，依据有关规定对生产矿井的开采方式、开采顺序进行监管；负责生产矿井的储量管理，依法对煤炭资源回采率进行监管；依法对全省煤炭生产秩序和经营秩序进行监管；负责开办煤矿企业审批、申报工作；负责煤矿生产能力的管理工作；依法颁发煤炭生产许可证、煤炭经营资格证、矿长资格证；与有关部门共同制定煤炭铁路运输计划；负责对全省煤矿安全生产进行监管。并组织对煤矿安全进行日常性督查，依法对煤矿违法违规行为做出现场处理或实施行政处罚；监督煤矿企业事故隐患的整改并组织复查验收，督促市县政府依法关闭不具备安全生产条件的矿井；组织指导煤矿安全专项整治，参与煤矿事故调查处理；负责对煤矿特种作业人员进行培训和发证，组织对煤炭行业行政执法人员进行业务培训，组织对煤矿职工进行培训和督查；负责全省煤炭工业生产动态、煤炭行业经济技术指标的统计和市场信息与安全信息的分析和发布；负责煤矿安全信息网络的建设和管理工作；承办省政府交办的其他工作。

陕西省煤炭工业局内设5个职能处（室），办公室（经营资格管理办公室）、规划发展处、开采监督管理处、安全监督管理处、信息调度处。机关党委、纪检组（监察室）依据有关规定设置。机关事业编制35名。局领导职数3名，其中局长1名，副局长2名。总工程师职数1名（副厅级）。纪检组长1名（副厅级）。处级领导职数14名（含机关党委专职副书记1名）。

2010年7月，根据我省煤炭生产安全监督管理和煤炭行业管理工作需要，经陕西省人民政府批准，撤销陕西省煤炭工业局，设立pbb63365挎包（副厅级），由陕西省安全生产监督管理局管理。

pbb63365挎包机关行政编制26名，其中：局长1名（副厅级），副局长2名（正处级），总工程师1名（正处级），处级领导职数13名（含煤炭生产安全监督管理专员3名）。现有35人，其中厅级3人，处级19人，科级13人。主要职责有：贯彻实施煤炭生产安全法律、法规和政府规章，监督煤炭企业执行有关煤炭生产安全法律法规和技术规范、规程及标准，组织编制煤炭生产安全规划，参与制定煤炭资源治理整顿、综合利用和结构调整意见，指导市县煤炭生产安全监管工作；负责全省煤炭生产安全的监督管理工作，组织对煤矿安全进行日常性的督查，依法查处煤矿违法违规行为，监督煤矿企业事故隐患的整改并组织复查验收，督促市县政府依法关闭不具备安全生产条件的矿井，组织指导煤矿安全专项整治，负责煤矿事故调查处理；依法负责煤矿生产能力和煤炭经营资格的监管，依法查处超能力生产和违规经营行为，配合有关部门开展煤炭超载整治、依法取缔非法储煤场（点），参与全省煤炭产运销政策、措施的制定；负责全省煤炭生产安全的科技进步工作，组织协调煤炭生产、安全技术研究和新技术的推广应用，依法承担煤炭行业准入监管责任，负责煤矿企业的设立和矿井关闭、报废审批工作，负责煤矿升级改造方案和煤矿建设项目的安全技术审查工作，负责煤炭建设工程质量安全监督工作；负责全省煤炭行业安全培训工作；负责煤矿管理人员、专业技术人员及特种作业人员的安全培训和考核工作，审核发放煤矿矿长资格证、矿长安全资格证；负责全省煤炭生产、安全等经济技术指标的统计分析和发布以及煤矿安全信息网络的建设和管理工作；承办陕西省人民政府和陕西省安全生产监督管理局交办的其他工作。